تأسست نواة عمادة التطوير والجودة بجامعة الحدود الشمالية بموجب قرار مجلس الجامعة في 18/06/1432هـ بإنشاء "عمادة الجودة والاعتماد الأكاديمي"، تلاها إنشاء "عمادة تطوير التعليم الجامعي" بموافقة سامية بتاريخ 19/03/1433هـ. ووفقاً لقرار مجلس شؤون الجامعات المتخذ بتاريخ 14/02/1445هـ، تم دمج العمادتين تحت المسمى الحالي "عمادة التطوير والجودة"، بهدف استيفاء متطلبات الاعتماد الوطني والدولي وتحسين الأداء المؤسسي عبر التطوير النوعي لمهارات منسوبي الجامعة.

تتبع العمادة تنظيمياً لوكالة الجامعة للشؤون الأكاديمية (بناءً على التعديل الأخير على الهيكل التنظيمي عام 1445هـ)، بعد أن كانت تتبع سابقاً لوكالة الجامعة للتطوير والجودة والشراكة المجتمعية.